虽然如此，校准方法采用计量技术规范时，实验室进行不确定度的评估是有必要的。除了校准证书需要对客户提供校准结果的不确定度，另一方面校准实验室也需要通过分析校准结果测量不确定度的主要来源并且加以控制，如掌握现场校准时必须掌握环境条件变化对校准结果不确定度的影响，参加比对和能力验证时能够评估特定情况下的不确定度。

理论上，实验室应对全部校准项目、校准参量和校准结果的测量不确定度进行预评估。依据计量技术规范进行校准时，校准项目通常为规程中规定的“示值误差”等主要计量特性，一般情况下还对规程规定的其他特性进行校准。例如钢直尺的校准，除了线纹示值误差外，还有尺面平面度、尺端侧边直线度、尺端边与侧边垂直度等相关特性，而校准实验室一般除了评估和报告示值误差的不确定度外，并没有评估其他相关特性的不确定度，实验室认可公布的校准能力中也没有这些特性，但这些相关特性对于校准工作并不是可有可无，因为这些相关特性如果不保障，示值误差和准确度一定程度上无从说起。

当实验室采取非标准方法和实验室制定的方法进行校准时，评估测量不确定度尤为重要。实验室除了按照常规程序进行不确定度评估，还可以通过试验对不确定度各个影响量进行分析，必要时采取比对的方式对不确定度进行验证。

对一个校准参量或项目的完整的测量不确定度评估，要求包含可校准的所有类型被校仪器，以及其全部校准点。几乎所有的测量不确定度，实际上并不需要对每个测量点逐一进行完整的评估。通常情况下，完成一个典型点的测量不确定度评估后，分析其测量不确定度分量汇总表，哪些不确定度分量会因测量点、被校仪器准确度等、分辨力、测量重复性的不同以及环境条件变化而改变，并归纳其关联以及在不确定度分量数值上的关系。当这种关系确定后，其他的不确定度值就较容易计算出来。